En 1897, au cours d'un voyage en Egypte, Ernest Chantre, sous-directeur du Muséum d'Histoire naturelle de Lyon, acheta 26 momies animales provenant Louxor. Si ces objets sont difficilement identifiables aujourd'hui, ils constituent pourtant le point de départ de la plus grande collection de momies animales hors d'Egypte.

Dès 1900, avec l'aide de Gaston Maspero, Louis Lortet - directeur du Muséum de Lyon -s'attacha à faire entrer au musée des milliers de spécimens, certains provenant des fouilles organisées par le musée même dans la région thébaine. Assisté de Claude Gaillard, Louis Lortet en réalisa l'étude dans l'optique d'appuyer la théorie de Darwin et de dresser une liste exhaustive du bestiaire égyptien à l'époque dynastique. Les résultats des travaux des deux chercheurs, références incontournables à ce jour, furent publiés dans les Archives du Muséum d'histoire naturelle de Lyon.

Les registres d'entrées de collections ne sont pas assez précis pour estimer le nombre exact de momies ramenées. Si beaucoup sont retournées en Egypte ou ont été échangées avec des musées du monde entier, la collection de momies animales du musée des Confluences n'en reste pas moins exceptionnelle avec près de 2500 objets diversifiés (typologies, états de conservation, provenances, ...).

Depuis la mort de Louis Lortet en 1909, le développement de la collection et son étude ont été très sporadiques, mais depuis 2013, la voilà de nouveau au-devant de la scène scientifique avec le projet MAHES (Labex ARCHIMEDE_ANR-11-LABX-0032-01).